В личной жизни актрисы были такие страсти, что можно было бы снять сериал.
В школьные годы за Еленой ухаживал молодой человек. Когда девушка уехала в Москву. И начала сдавать экзамены в ГИТИС, бывший возлюбленный решил ее похитить. Когда Мольченко шла по улице, Владимир затолкал ее в машину, и начал упрашивать выйти за него замуж. Затем закрыл в квартире, а Елена переживала только о последнем экзамене, на который может не попасть.
Владимир повел «пленницу» по улице, а около мавзолея она начала вырываться, потом потеряла сознание. Владимир сильно ударил ее . Очнулась Мольченко в милиции.
На экзамен она пришла в шарфе. В ГИТИС Елена поступила. Ее похититель (и бывший ухажер) отсидел в тюрьме, а через три года умер.
Мольченко влюбилась в Анатолия Лобоцкого, который был старше ее на 4 года. Молодой человек был женат. Жена и ребенок жили в Тамбове. Анатолий был любвеобильным, и кроме Елены у него было несколько возлюбленных. Когда жена узнала об изменах, она развелась с Лобоцким.
Мольченко постоянно ревновала Анатолия. Когда она была студенткой 3 курса, сделала аборт. Детей у Елены нет.
Роман с Лобоцким счастья актрисе не принес. В Анатолия влюбилась Наталья Гундарева, и увела его у Мольченко.
Следующим возлюбленным Елены стал Александр Фатюшин. Зрители хорошо знают актера по фильму «Москва слезам не верит». Мольченко вышла замуж за Фатюшина. Супруги прожили 17 лет.
Елене пришлось терпеть ревность и запои мужа, но она его сильно любила, поэтому все ему прощала. Александр был любящим супругом, поэтому актриса не жалеет о том, что вышла за него замуж.
В 2003 году у Фатюшина случился сердечный приступ и он умер. Мольченко болезненно переживала смерть супруга. Она ушла из театра, не появлялась на публике. Друзья не оставили женщину в беде. Они вернули ее на сцену.
В 2010 году в личной жизни Елены произошло счастливое событие. Она стала женой Игоря Воробьева, актера. В настоящее время Мольченко продолжает радовать поклонников новыми ролями.